シミュレーション研究のためのツール

無料で利用できるツール集．

下記の設定方法の説明はLinuxやMac OSなどのUnixライクな環境での利用を想定している．これらの環境ではソフトウェアの設定はホームディレクトリ（~/や${HOME}/であらわされる）にある設定ファイルに設定を記載することが多い．

• FFTW3

  種類

  プログラミング

  説明

  高速フーリエ変換ライブラリ

  バージョン

  3系列以降推奨（2系列は3系列と互換性がない．）

• GIMP

  種類

  グラフィックス

  説明

  画像編集

• GNUコンパイラ集

  種類

  プログラミング

  説明

  コンパイラ

• git

  種類

  ツール

  説明

  版管理

  設定メモ

  プロキシの設定は，git configコマンドを用いる．~/.gitconfigに設定が記録される．

  git config --global http.proxy http://<IP ADDRESS>:<PORT NUMBER>
  git config --global https.proxy http://<IP ADDRESS>:<PORT NUMBER>

• gnuplot

  種類

  可視化・データ処理

  説明

  データプロット，グラフ作成

  バージョン

  5系列以降推奨

  設定メモ

  初期設定ファイルは~/.gnuplot．Fortranの出力形式に対応し，デフォルトのターミナルをx11にするには

  set datafile fortran
  set terminal x11

• HDF5

  種類

  プログラミング

  説明

  データフォーマットライブラリ

  バージョン

  最新は1.10系列だが，多くのサイトで1.8系列が用いられている．(as of 2016/11/20)
  並列I/O対応推奨．

• Inkscape

  種類

  グラフィックス

  説明

  ベクトル画像編集

• JupyterLab

  種類

  開発環境，可視化・データ処理

  説明

  コードエディタ，グラフ作成

• MPICH

  種類

  プログラミング

  説明

  MPI標準の実装（ライブラリ）

• NetCDF

  種類

  プログラミング

  説明

  データフォーマットライブラリ

  バージョン

  並列I/O推奨．HDF5との依存関係あり．

• Octave

  種類

  可視化・データ処理

  説明

  データプロット，グラフ作成

  バージョン

  4系列以降推奨

  設定メモ

  octaveには様々な追加機能を提供するパッケージがある．例えば，NetCDFデータの入出力をサポートするnetcdfや，その他様々なデータフォーマットの入出力をサポートするioなどがある．（ioパッケージはFortranのnamelistに対応．）必要に応じてインストールし，利用時にpkgコマンドでロードするか初期設定ファイルで起動時にロードするように設定する．octaveの初期設定ファイルは~/.octaverc．シェルの設定と同様起動時に読み込まれるので，octaveのコマンドを列記する．例えば，

  pkg load pkgname
  addpath('path_to_script');
  graphics_toolkit('gnuplot');

  graphics_toolkitは，使用するグラフィックスエンジンを設定する．gnuplotを設定しておくと，gnuplotのシンボルなどが使える．使用できるtoolkitは，available_graphics_toolkitsで確認できる．

• VS Code

  種類

  開発環境

  説明

  コードエディタ

• Wolfram Engine

  種類

  可視化・データ処理

  説明

  数式処理